Η πρώτη ονομασία του Ηρακλείου ήταν Ράμπντ ελ Χαντάκ. Το όνομα αυτό του δόθηκε από τους Σαρακηνούς που κατείχαν την Κρήτη και το έχτισαν τον 9ο αιώνα μ.Χ. το οχύρωσαν ανοίγοντας γύρω μια βαθειά τάφρο. Οι Βυζαντινοί που το πήραν το 961 μ.Χ. το ονόμασαν Χάνδακα. Το 1210 το κατέλαβαν οι Ενετοί και το οχύρωσαν συστηματικά. Το 1648 πολιορκήθηκε από τους τούρκους αλλά 21 ολόκληρα χρόνια αντιστάθηκε στις επιθέσεις του εχθρού ώσπου παραδόθηκε το 1669 ύστερα από συμφωνία. Το Ηράκλειο ήταν πρωτεύουσα της Κρήτης από το 961 ως το 1850. Μετά πρωτεύουσα του νησιού έγιναν τα Χανιά. Τελευταία στον 2ο παγκόσμιο πόλεμο έγιναν μεγάλες μάχες.