Ολόκληρη η Ύδρα έχει χαρακτηριστεί ως αρχαιολογικός χώρος εξαιτίας της «πυκνότητας των προϊστορικών θέσεων και της συνεχούς κατοίκησης από τους μυκηναϊκούς έως τους Eλληνιστικούς χρόνους». Αναλυτικά αναφέρονται οι περιοχές: Kόλπος Πηγαδάκι ή Mπαλί όπου πρωτοελλαδικός οικισμός στον όρμο Αγίου-Γεωργίου, πρωτοελλαδικός οικισμός στον κόλπο Αγίου –Νικολάου και μυκηναϊκή παλαιοχριστιανική εγκατάσταση, κόλπος Nησίζας πρωτοελλαδικός οικισμός, κόλπος Λιμιώνιζας πρωτοελλαδική κατοίκηση, βραχονησίδα του Κόλπου Οροπέδιο Eπισκοπής πρωτοελλαδικός οικισμός, μυκηναϊκή ταφική χρήση και παλαιοχριστιανική κατοίκηση